El Consejo Nacional de Universidades fue creado por la Junta Revolucionaria de Gobierno de los Estados Unidos de Venezuela, en su Decreto Presidencial no. 408, publicado en la Gaceta Oficial no. 22.123, el sábado 28 de septiembre de 1946, que especifica el Estatuto Orgánico de las Universidades Nacionales. Su artículo no. 3 expresa una de las razones de su fundación:

"Para mantener la unidad pedagógica, cultural y científica de las Universidades Nacionales, funcionará un Consejo Nacional de Universidades que estará constituido por un delegado de los profesores y un delegado de los estudiantes de cada Universidad, elegido por votación directa y secreta en los sectores respectivos; por los Rectores de las Universidades y por el Ministro de Educación, quien lo preside".

Una vez creado el Consejo Nacional de Universidades se celebró la primera sesión inaugural el 27 de julio de 1947, presidida por el Ministro de Educación, Presidente del C.N.U., Dr. Luis Beltrán Prieto Figueroa, y al referirse a la finalidad del Consejo y sobre el interés que resultase del trabajo a realizar por este organismo, en su primera sesión se propuso la designación de un Secretario Permanente, radicado en Caracas, con derecho a voz.

A través del funcionamiento del Consejo Nacional de Universidades, de manera sucesiva fue reformulado el Estatuto Orgánico del Cuerpo introduciéndose modificaciones en los años 1953,1958 y en el año 1970, cuando se amplía la estructura del CNU, al incorporar en la reglamentación a la Oficina de Planificación del Sector Universitario (OPSU).

El CNU cuenta con la asesoría técnica del Secretariado Permanente y de la Oficina de Planificación del Sector Universitario, los cuales están enlazados con el resto de los organismos de planificación educativa